Le musée est installé dans ce qui fut autrefois à son origine, le monastère de Condat qui devint plus tard l'abbaye de Saint-Oyand de Joux au Moyen Âge, ensuite Abbaye de Saint-Claude. Elle a été créée au V^e siècle après l’arrivée de deux frères, saint Romain et saint Lupicin dans la cité de Condat ou Condatiscone, aujourd’hui Saint-Claude.
La singularité du lieu fait que l’on visitera au sous-sol la partie originelle du musée, à savoir le site archéologique de l’abbaye, puis du rez-de-chaussée au second étage, plusieurs salles d’expositions fixes et temporaires consacrées aux divers artistes peintres du XIX au XX^e siècle.

Le musée

Des espaces sobres et épurés, ou seul le bois des sols et plafonds, vient contraster avec les murs blancs pour donner à l’ensemble plus de profondeurs, dans lesquels l’on circule très aisément d’une salle à l’autre. Les personnes à mobilité réduite peuvent accéder au bâtiment par un élévateur en extérieur, ainsi qu'à l’ensemble des expositions et du site archéologique par un ascenseur intérieur desservant les quatre niveaux du musée.
La réalisation du musée est dans l’ensemble bien réalisé en allant à l’essentiel, à savoir créer des espaces lumineux dans lesquels le visiteur pourra tout à loisir, consacrer son temps de visite aux œuvres exposées.
L’accueil y est bienveillant et souriant et l’information généreuse. Le musée participe à la Nuit européenne des musées.

Les expositions

Le Musée de l’Abbaye donations Guy Bardone – René Genis consacre trois étages aux œuvres d’artistes, dont celles des collections des généreux donateurs que sont Guy Bardone et René Genis.
Ces collections rassemblent de nombreux tableaux et lithographie d'artistes ; Bonnard, Chagall, Picasso, Braque, Baudin, Lesieur, Rebeyrolle, Gromaire, Buffet, Bertrand, Collomb..
L'espace du second étage est destiné aux expositions temporaires.

Archéologie

Le Musée de Saint-Claude présente dans ses sous-sols les vestiges de l’abbaye bénédictine de Saint-Claude édifiée à partir du XI^e siècle.
L’on y découvre la galerie du grand cloître qui reliait l’abbatiale des Trois-Apôtres et l’actuelle église Saint-Pierre, Saint-Paul, Saint-André de Saint-Claude, Saint-Oyent. Longue de 110 mètres, celle-ci était réservée exclusivement aux moines, et en particulier lors des processions des religieux d’une église à l'autre; elle est aujourd’hui conservée de 44,50 mètres.